Mit der Geschichte des hallischen Kunstmuseums in der Moritzburg im Nationalsozialismus hat sich Andreas Hüneke beschäftigt. Nicht erst seitdem er an der Forschungsstelle „Entartete Kunst“ an der Freien Universität Berlin tätig ist: Bereits als Mitarbeiter der Moritzburg setzte sich Hüneke in den 1980er Jahren mit der Geschichte des Museums im Nationalsozialismus auseinander, mit dem Ablauf der Aktion „Entartete Kunst“ vor Ort und den Akteuren und Veränderungen der Kulturpolitik.